NV Afvalzorg Holding heeft een tweehoofdig bestuur, dat wordt benoemd door de Raad van Commissarissen.
De Raad van Bestuur is eindverantwoordelijk voor het realiseren van de doelstellingen, de strategie en het beleid van Afvalzorg. De Raad van Bestuur legt hierover verantwoording af aan de Raad van Commissarissen.